Codifica e decodifica

Facendo riferimento ai precedenti concetti pertanto la alimentazione é quindi definibile come un complesso processo di relazioni tra energia, materia ed informazione (o se si preferisce di crescita negentropica), che attiva la vita di organismo; quest'ultimo  può quindi essere considerato come una rete di comunicazioni programmate (esempio da: DNA, RNA, molecole-carrier... ecc...) che vengono  catalizzate da sistemi di informazione (esempio neurotrasmettitori, ormoni, enzimi... ecc.), che si esprimono nella codifica e decodifica di interazioni tra materia ed energia; questo sistema va considerato in termini di un sistema di informazione, che nell'insieme caratterizza le attività cataboliche e anaboliche del metabolismo di un organismo vivente.

La comunicazione chimica si esprime ad esempio tramite la messa a comune di alcuni elettroni, ovvero la interazione di cariche elettriche, oppure la polarizzazione e depolarizzazione di molecole dipolari ecc..; tale insieme di comunicazioni chimiche può essere organizzata in modo che la informazione trasmessa possa selezionare e dare forma a strutture molecolari prestabilite dalla codificazione genetica.

Ragionando in tal guisa possiamo dire che nei sistemi di auto-organizzazione delle reazioni biologiche, il metabolismo chimico si attua utilizzando di tutta una serie di reazioni cicliche accoppiate che necessitano energia dall'esterno, per agire sulla degradazione (reazioni cataboliche) degli alimenti, le quali generano anche la driving force (energia trainante) del processo metabolico. Le reazioni del catabolismo sono quindi eso-energetiche (+E)  e con crescita di entropia(+ S); esse vengono accopiate con reazioni di sintesi (anaboliche), quali ad esempio la sintesi endo-energetica dell'adenosin-trifosfato (ATP), che funziona da accumulatore di energia (-E = circa 7 Kcal Mole spendibili in successive azioni di sintesi; ricordiamo
che sono necessarie piu' di 8 K/cal Mole  per la reazione inversa ADP + P ? ATP ). L'energia accumulata da ATP successivamente viene spesa la dove vi sia un lavoro necessario per ottenere una nuova organizzazione molecolare, e cioe' l'ATP decomponendosi ciclicamente in adenosindifospato (ADP) ed acido fosforico (P) attiva un lavoro di informazione ovvero di crescita negentropica (-S).

Nella fase catabolica tramite processi di idrolisi, coadiuvati da enzimi e coenzimi, che hanno funzione catalitica specifica , ogni sostanza ingerita (glucidi, lipidi, proteine ecc..), viene degradata nei componenti fondamentali;  i glucidi in anidride Carbonica (CO2) ed alcool etilico, i lipidi generalmente vengono idrolizzati a glicerina ed acidi grassi quali ad esempio l'acido lattico; mentre la demolizione per idrolisi delle proteine conduce alla separazione degli amminoacidi dalla formula generale del tipo (NH2-(CH)n-COOH);  tali costituenti proteici possono venire: